A Solução para esse problema é simples pessoal, basta colocar uma interpolação circular no programa principal após o sub programa.
Como podemos verificar, apos a chamada do Sub-Programa (M98 P002 L46)
* Então nesse bloco M98 P002 L46 vamos chamar o programa 002 e repetir ele 46 vezes.
Depois do Sub-Programa, vamos levar nossa ferramenta para o centro de furo descompensando o raio da ferramenta com a função G40. Depois vamos posicionar a ferramenta compensando o raio da ferramenta com a função G41 (Compensação do Raio da Ferramenta a Esquerda do Perfil), e por fim fazemos a interpolação circular com a função preparatória G3 (Interpolação Circular no sentido anti-horário).
Dessa forma vamos deixar o fundo do nosso alojamento perfeito. Sem nenhum tipo de degrau ou saliência.